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Construido durante el siglo XVII, este inmueble forma parte del templo y convento de la Santa Cruz. Fue aquí donde se estableció el Primer Colegio de América Fide (Congregación para la evangelización de los Pueblos).
Durante la independencia fue prisión de Miguel Domínguez, y más tarde el cuartel de Agustín Iturbide; quedó convertido en cuartel militar con la promulgación de las Leyes de Reforma, por lo que también fue cuartel general de Maximiliano de Habsburgo.
El edificio estuvo a cargo de la Secretaría de la Defensa Nacional hasta 1946 y operó también como escuela primaria. En la década de los 90, el gobierno federal donó el recinto al estado para servicios educativos, mismos que dejó de prestar en 2009 por el deterioro que presentaba.
El nuevo Museo de Arte Contemporáneo Querétaro es uno de los proyectos más relevantes del estado en materia de infraestructura cultural y cuenta con una superficie de terreno de 2 mil 195 metros cuadrados.
El inmueble desde mediados del siglo XX fue declarado momento artístico e histórico. Forma parte de la zona de monumentos históricos de Querétaro, inscrito en la lista de patrimonio mundial de la UNESCO.
