Teoría Atómica Modelos Atómicos


Instrucciones

  • A continuación se describen las diferentes formas de representación de la molécula utilizando Jsmol.
  • Haga clic en la (+) del cuadro verde para extenderlo y poder leer la descripción.

  • Para cerrar el cuadro, haga clic en el signo (-).

Instrucciones

Menú General

Usted tiene las siguientes opciones

  • Girar cualquier estructura en los ejes x, y, z.
  • Cambiar el fondo del visor 3D

Estructuras Cristalinas

En cada uno de los botones, usted podrá cambiar la matriz tridimensional de la estructura cristalina.

Moléculas Pequeañas

  • Usted podrá poner el modelo en forma de alambres, varillas y pelotas.
  • También podrá realizar otras operaciones a nivel molecular

Biomoléculas y Ácidos Nucleicos

Cargar archivo PDB

  • Usted puede cargar un archivo PDB de la siguiente base de datos: Protein Data Bank .
  • Diferentes formas de representación de las moléculas

    1. "Amino" es un esquema que asigna colores a los aminoácidos en función de sus propiedades químicas, p. ácido, básico, hidrofóbico o polar. Los colores son ASP, GLU, CYS, MET, LYS, ARG, SER, THR, PHE, TYR, ASN, GLN, GLY, LEU, VAL, ILE, ALA, TRP, HIS y PRO. Los ácidos nucleicos son de color caré claro en el esquema "amino".
    2. "Cadena" es un esquema que da un color diferente a cada cadena del archivo pdb.
    3. "Grupo" es un esquema que colorea las cadenas de proteínas de manera diferencial en la dirección amino-carboxi. Este esquema también colorea las cadenas de ácido nucleico de manera diferencial en la dirección 5 '> 3'.
    4. "Temperatura" es un esquema que colorea los átomos de acuerdo con sus temperaturas anisotrópicas, almacenadas como un valor beta en un archivo pdb. La temperatura anisotrópica indica la movilidad de un átomo o la incertidumbre de posición. Los segmentos más "móviles" y más cálidos son de color rojo, progresando a fragmentos azules más inmóviles.
    5. "Estructura" es un esquema de color muy útil porque colorea de manera diferencial la estructura secundaria de una proteína (hélices α y láminas β). Es mejor usar un comando de visualización que ilustre la estructura secundaria cuando se utiliza el esquema de colores de la estructura (por ejemplo, cintas, dibujos animados, esqueleto, trazas o hebras; consulte la sección Visualización).

    Clasificación de los aminoácidos

    1. Ácidos: Asp, Glu
    2. No cíclicos
    3. Alifáticos: Ala, Gly, Ile, Leu, Val
    4. Aromáticos: His, Phe, Trp, Tyr
    5. Básicos: Arg, His, Lys
    6. Interiores: Ala, Leu, Val, Ile, Phe, Cys, Met, Trp
    7. Con carga: Asp, Glu, Arg, His, Lys
    8. Hidrofóbicos: Ala, Leu, Val, Ile, Pro, Phe, Met, Trp
    9. Polares: Cys, Gly, Ser, Thr, Lys, Asp, Asn, Glu, Arg, Gln, Tyr, His
    10. Pequeños: Ala, Gly, Ser

    Metales

  • Muestra los metales en la estructura protéica.
  • Grupos Prostéticos

  • Muestra todos los grupos de naturaleza no protéica.
  • Superficie y Cavidades

  • Jsmol introduce la capacidad de distinguir entre cavidades y superficies de una proteína.
  • Sección

  • La sección "corta" la molécula, es decir, elimina los átomos hasta una profundidad específica para que las características interiores puedan observarse fácilmente.
  • ¡Atención!

  • Es la partícula más pequeña en que puede dividirse un elemento químico y continuar manteniendo las propiedadescaracterísticas del elemento.
  • Modelos Atómicos


    Demócrito
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    La idea del átomo se remonta a épocas muy lejanas en las cuales todavía no se podía realizar ninguna prueba experimental sobre la existencia del mismo, lo cual dejaba esta idea en algo netamente filosófico. Los primeros en postular una idea sobre el átomo fueron los miembros de la escuela atomista de la antigua Grecia, en un concepto en el cual se decía que los átomos eran un bloque básico e indivisible que compone la materia y el universo.


    Leucipo de Mileto
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    Leucipo vivió alrededor del año 450 a.c. y decía que la materia podía ser dividida en partículas cada vez menores, hasta llegar a un límite.

    Demócrito, discípulo de Leucipo, vivió alrededor de 470 a 380 a.c. y afirmaba que la materia era discontinua, esto es, la materia era formada por minúsculas partículas indivisibles, las cuales fueron denominadas "de átomo" (que en griego significa indivisible). Demócrito postulo que todos los tipos de materia eran formados a partir de la combinación de los átomos de 4 elementos: agua, aire, tierra y fuego. El modelo de la materia discontinua fue rechazado por uno de los grandes filósofos de la época: Aristóteles, quien afirmaba que la materia era continua, estos es, la materia vista como un "todo entero" (contrastando con la idea de que la materia era constituida por minúsculas partículas indivisibles).

    Modelos del átomos
    Modelo de John Dalton
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    Es el primer modelo atómico con bases científicas, sus postulados son:

    1. La materia está formada por partículas muy pequeñas llamadas átomos, los cuales son indivisibles y no se pueden destruir.
    2. Los átomos de elementos iguales tienen características iguales, mientras los átomos de compuestos diferentes tienen características diferentes.
    3. El átomo nunca se divide, aun cuando se combine en una reacción química.
    4. Los átomos al combinarse para formar compuestos, mantienen relaciones simples.
    5. Los átomos de diferentes compuestos se combinan en proporciones y forman más de un compuesto.
    6. Los compuestos químicos se forman al combinarse átomos de dos o más compuestos.
    7. Esta teoría tiene dificultades para explicar algunas propiedades del átomo como los rayos catódicos, la electronegatividad ni la presencia de cargas, por esta razón fue descartada y se le dio paso a una nueva teoría.
    Modelo de J.J. Thomsonl
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    Después del descubrimiento del electrón, en el año 1897 por J.J. Thomson, se determinó que la materia estaba compuesta por dos partes, una negativa y una positiva. La parte negativa eran los recién descubiertos electrones, los cuales mantenían inmersos en una “masa” de carga positiva, de allí que a este modelo se le conoce como el “pudin de pasas”. De este modelo se puede explicar:

    • La existencia de los espectros atómicos.
    • Algunos fenómenos como la conductividad y la polarización eléctrica.
    • Las reacciones químicas bajo el supuesto de intercambio de electrones.
    • La periodicidad observada en las propiedades químicas de los compuestos.
    • La existencia de iones.
    Modelo de Rutherford

    Este experimento fue realizado en el año 1909, en los laboratorios de la Universidad de Manchester. La experiencia consistía en “bombardear” una lámina de oro con un haz de partículas alfa y observar cómo las láminas de diferentes metales afectaban a la trayectoria de dichos rayos.

    Las partículas alfa se obtenían mediante la desintegración del Polonio.

    Según el modelo atómico de Thomson se esperaba que las partículas alfa pasaran la delgada placa de oro sin desviarse mucho de su trayectoria, pero al contrario de eso se observo que un porcentaje de las partículas se devolvieron hacia la fuente de plutonio, "es como si dispararas balas de cañón a una hoja de papel y rebotasen hacia ti" dijo Rutherford.

    Rutherford concluyo que el hecho que la mayoría de partículas atravesaran la placa quería decir que gran parte del átomo era vacio, que la desviación de partículas alfa indica que el deflector y las partículas poseen cargas positivas, y el rebote de las partículas era el choque con una zona muy positiva del átomo.

    De aquí concluyo Rutherford que el átomo estaba formado por un núcleo y una corteza, el núcleo era la parte positiva y contenía el peso del átomo, mientras que la corteza eran electrones girando alrededor de este núcleo.

    Este modelo se agradece al experimento de Rutherford, por medio del cual el señor Ernest Rutherford en el año 1911 dice que el átomo tiene una parte p ositiva, el núcleo, el cual poseía los Protones (cargas positivas) y Neutrones (Cargas Neutras), llamado Núcleo, el cual contiene toda la masa del átomo, y los electrones giraban alrededor de este núcleo en orbitas circulares y elípticas.

    De este modelo atómico se puede concluir que:

    • Todos los núcleos de los átomos de un elemento dado tienen la misma carga eléctrica.
    • La carga nuclear es un múltiplo entero de valor de la carga del electrón.
    • La carga nuclear de un átomo es igual al número atómico químico, el cual determina su posición en la tabla periódica.
    • Pero también presentaba varios problemas.
    • Contradecía las leyes de Maxwell.
    • No explicaba los espectros atómicos
    Modelo de Bohr
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    El modelo de Bohr introduce mejoras sustanciales al modelo de Rutherford al incorporar aspectos energéticos derivados de la energía de Planck y del efecto fotoeléctrico de Einstein.

    Modelo de Bohr
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    Aunque una descripción detallada del modelo de Bohr es compleja, las siguientes características son relevantes en relación al modelo que va a introducir la Mecánica Global son:

    • Los electrones se sitúan en órbitas circulares estables; es decir, donde no emiten energía y no todas están permitidas.
    • Las órbitas permitidas de los electrones del modelo atómico de Bohr tienen un momento angular que es un múltiplo exacto de de hbar (constante de Planck dividido por 2π).
    • Los electrones emiten o absorben un fotón o cuanto al cambiar de órbitas atómicas que coincide con la diferencia de energía de las órbitas y no necesitan pasar por estados intermedios.
    • En el átomo de Bohr, las órbitas de los electrones siguen las reglas de la Mecánica Clásica pero no así los cambios de órbita.
    • Al margen del gran acierto de este modelo en muchos aspectos, el problema del modelo de Bohr y de toda la Mecánica Cuántica es que se van añadiendo supuestos a lo largo de la historia, pero sin explicar las razones que los justifican, únicamente que funcionan y explican mejor la realidad; lo cual, no estando nada mal, no ayuda mucho a la comprensión de la realidad si se apoyan en principios físicos despistantes.
    • Bohr introduce mejoras sustanciales al modelo de Rutherford al incorporar aspectos energéticos derivados de la energía de Planck y del efecto fotoeléctrico de Einstein.
    • Aunque una descripción detallada del modelo de Bohr es compleja, las siguientes características son relevantes en relación al modelo que va a introducir la Mecánica Global son
      • Los electrones se sitúan en órbitas circulares estables; es decir, donde no emiten energía y no todas están permitidas.
      • Las órbitas permitidas de los electrones del modelo atómico de Bohr tienen un momento angular que es un múltiplo exacto de de hbar (constante de Planck dividido por 2π).
      • Los electrones emiten o absorben un fotón o cuanto al cambiar de órbitas atómicas que coincide con la diferencia de energía de las órbitas y no necesitan pasar por estados intermedios.
      • En el átomo de Bohr, las órbitas de los electrones siguen las reglas de la Mecánica Clásica pero no así los cambios de órbita.

      Al margen del gran acierto de este modelo en muchos aspectos, el problema del modelo de Bohr y de toda la Mecánica Cuántica es que se van añadiendo supuestos a lo largo de la historia, pero sin explicar las razones que los justifican, únicamente que funcionan y explican mejor la realidad; lo cual, no estando nada mal, no ayuda mucho a la comprensión de la realidad si se apoyan en principios físicos despistantes.

    Modelos hasta llegar al actual
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    Modelo Actual
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    El modelo de Schrödinger (1926) cambia la filosofía de las órbitas seguramente por las nuevas aportaciones a la teoría atómica de De Broglie sobre la naturaleza ondulatoria de la masa en 1924 y describe a los electrones con funciones de onda, que nos permiten obtener la probabilidad de que el electrón se encuentre en un determinado punto del espacio. De esta forma se obtienen de densidad espacial de probabilidad de encontrar un electrón.

    Este modelo de átomo de Schrödinger se ajusta mucho mejor a las observaciones; pero, al abandonar la visión anterior sobre la forma de las órbitas se aleja de una explicación intuitiva de las causas de esas órbitas tan caprichosas. Al mismo tiempo, Schrödinger se adentra en el mundo de las probabilidades y de la abstracción matemática que en grandes dosis podría llegar a ser muy perjudicial o negativa.

    De acuerdo con la teoría enunciada por Louis de Broglie en 1924 y reconocida actualmente, la materia, en la misma forma que la luz, tiene una naturaleza dual de partículas y de onda. En partículas grandes, la naturaleza ondulatoria de la materia no es apreciable.

    Así, por ejemplo, una bola de Beisbol que se mueve con una velocidad de 100 km/hora tiene una longitud de onda de 10-32cm. No obstante, cuando se trata de partículas pequeñas (protones, electrones, etc.), esta naturaleza cobra significado y se vuelve causa importante de muchos resultados.

    En 1927, Werner Heisenberg enunció el denominado “Principio de Incertidumbre” que significa que es imposible conocer simultáneamente la posición exacta y el movimiento de un objeto. Cualquier experimento que se diseñe variará una de las dos o ambas propiedades. Así, por ejemplo, aunque intentemos determinar dónde está un electrón en un momento dado (posición), no podemos predecir hacia donde irá después que lo observemos (movimiento). En otras palabras, no se puede fijar con certeza el recorrido de un electrón. Este es el fallo principal de los modelos de Böhr y Sommerfeld, que determinan caminos específicos y orbitas para los electrones.

    Basado en los trabajos de De Broglie, Erwin Schrödinger desarrolló en 1926 una ecuación matemática que relaciona las longitudes de onda asociadas a los electrones, con sus energías.

    Si bien no podemos conocer el recorrido de los electrones, sí podemos determinar a través de la ecuación de Schrödinger una región del espacio vecina al núcleo donde la probabilidad de hallar cada electrón sea considerable. Esta región se conoce como “Orbital”. Normalmente se entiende el Orbital como la región espacial para la cual la probabilidad de hallar un electrón es de un 90 a 95%. Lógicamente el electrón puede encontrarse en un momento dado fuera del orbital, pero la probabilidad de que esto suceda es de sólo un 5 a un 10 por ciento.

    Habíamos visto que un nivel consta de uno o varios subniveles. Del mismo modo, cada subnivel consta de uno o varios orbitales. Los subniveles de clase “S” constan de un solo Orbital; los subniveles “P”, constan de 3; los “D” de 5 y los “f” de 7.

    La forma y tamaño de los orbitales dependen de la energía de los electrones que los ocupan. De este modo, la forma de un orbital para un electrón de un subnivel “s” será diferente a la de un electrón de un subnivel “p” o “d”.


    Aunque una descripción detallada del modelo de Bohr es compleja, las siguientes características son relevantes en relación al modelo que va a introducir la Mecánica Global son:

    • Los electrones se sitúan en órbitas circulares estables; es decir, donde no emiten energía y no todas están permitidas.
    • Las órbitas permitidas de los electrones del modelo atómico de Bohr tienen un momento angular que es un múltiplo exacto de de hbar (constante de Planck dividido por 2π).
    • Los electrones emiten o absorben un fotón o cuanto al cambiar de órbitas atómicas que coincide con la diferencia de energía de las órbitas y no necesitan pasar por estados intermedios.
    • En el átomo de Bohr, las órbitas de los electrones siguen las reglas de la Mecánica Clásica pero no así los cambios de órbita.
    • Al margen del gran acierto de este modelo en muchos aspectos, el problema del modelo de Bohr y de toda la Mecánica Cuántica es que se van añadiendo supuestos a lo largo de la historia, pero sin explicar las razones que los justifican, únicamente que funcionan y explican mejor la realidad; lo cual, no estando nada mal, no ayuda mucho a la comprensión de la realidad si se apoyan en principios físicos despistantes.
    • Bohr introduce mejoras sustanciales al modelo de Rutherford al incorporar aspectos energéticos derivados de la energía de Planck y del efecto fotoeléctrico de Einstein.
    • Aunque una descripción detallada del modelo de Bohr es compleja, las siguientes características son relevantes en relación al modelo que va a introducir la Mecánica Global son
      • Los electrones se sitúan en órbitas circulares estables; es decir, donde no emiten energía y no todas están permitidas.
      • Las órbitas permitidas de los electrones del modelo atómico de Bohr tienen un momento angular que es un múltiplo exacto de de hbar (constante de Planck dividido por 2π).
      • Los electrones emiten o absorben un fotón o cuanto al cambiar de órbitas atómicas que coincide con la diferencia de energía de las órbitas y no necesitan pasar por estados intermedios.
      • En el átomo de Bohr, las órbitas de los electrones siguen las reglas de la Mecánica Clásica pero no así los cambios de órbita.

      Al margen del gran acierto de este modelo en muchos aspectos, el problema del modelo de Bohr y de toda la Mecánica Cuántica es que se van añadiendo supuestos a lo largo de la historia, pero sin explicar las razones que los justifican, únicamente que funcionan y explican mejor la realidad; lo cual, no estando nada mal, no ayuda mucho a la comprensión de la realidad si se apoyan en principios físicos despistantes.

    La teoría atómica desarrollada en este tutorial, se fundamenta en cálculos matemáticos complejos de la probabilidad de encontrar un electrón determinado en una región del espacio alrededor del núcleo. Vale la pena entonces ahora aclarar de donde provienen los número que corresponden al nivel de energía (1, 2, 3, 4, etc), por qué hay un número máximo de 2 electrones en el primer nivel de energía, 8 en el segundo, 18 en el tercero, etc.: y finalmente, por que hay solamente un orbital s en un conjunto, 3 orbitales p en otro conjunto y 5 orbitales d en otro conjunto.

    Números Cuánticos

    Todos estos valores provienen de soluciones de la ecuación de onda. Esta ecuación llamada ecuación de onda de Schrödinger, es una ecuación muy compleja que tiene diferentes soluciones posibles. Cada una de las soluciones permitidas dan un conjunto de tres números cuánticos.

    Ecuación de Onda
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    • El primero es el número cuántico principal (n), el cual está relacionado con el nivel de energía.
    • El segundo número cuántico (l), esta relacionado con el subnivel dentro de un nivel de energía determinado.
    • El tercero es el número cuántico magnético (ml), el cual esta relacionado con la orientación en el espacio de un orbital en particular.
    • El cuarto número cuántico es el número cuántico de spin (ms), que se agregó a los anteriores por el hecho de que en cualquier orbital puede haber 2 electrones con spin opuesto.

    Número Cuántico Principal (n)

    Puede ser cualquier valor entero positivo desde uno; es decir que existe un conjunto de soluciones a la ecuación de onda para cada valor entero positivo de n. este especifica el nivel de energía y está relacionado con el tamaño de la nube electrónica, o para un grupo de electrones con la distancia al núcleo.

    Número Cuántico Secundario (l)

    Los valores permitidos para el número cuántico secundario dependen del valor de n; l puede tener cualquier valor entero de 0 hasta (n-1). Por tanto, si n=1, l sólo puede ser 0; si n=2, l puede ser 0 ó 1; si n=3, l puede se 0, 1 ó 2; etc.

    El valor de l describe un subnivel específica y determina la forma de la distribución probabilística del electrón.

    Número Cuántico Magnético

    Dentro de cada subnivel definido por n y l aparecen distintos orbitales, que se diferencian en el valor del tercer número cuántico ml. Este número informa sobre la orientación de la nube electrónica alrededor del núcleo. Los valores de ml van desde –l hasta +l de unidad en unidad: ml = ..., -1, 0, +1, ...,

    Números Cuánticos
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    Números Cuánticos
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    Número Cuántico de spin ms

    Este cuarto número cuántico se agrega para tener en cuenta el spin de los electrones. Este número, no proviene de las soluciones permitidas de la ecuación de onda. Puesto que se ha encontrado que cualquier orbital puede alojar un máximo de dos electrones con spines opuestos, debe haber dos valores posibles de ms (+½ ó -½ ).

    El movimiento de cualquier partícula cargada genera un campo magnético. El spin de los electrones puede ser en el sentido de las agujas del reloj (+½ ) o en contra del sentido de las agujas del reloj (-½ ) alrededor de un eje imaginario. El electrón tiene polos magnéticos norte y sur. Estos campos magnéticos se compensan parcialmente para la repulsión eléctrica.

    Spin del Electrón
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    Ejercicio sobre números cuánticos

    Escriba una serie aceptable de cuatro números cuánticos para cada electrón de un átomo de nitrógeno.

    Respuesta

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    Ejercicio sobre números cuánticos

    Escriba una serie aceptable de cuatro números cuánticos para cada electrón de un átomo de cloro.

    Respuesta

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